在两国经贸磋商似乎陷入停滞之际，6月5日晚，中美元首的一通电话引发广泛关注。除经贸议题外，双方还谈到台湾问题。根据央视新闻发布的消息稿，中方领导人在电话中强调，美国应当慎重处理台湾问题，避免极少数“台独”分裂分子把中美两国拖入冲突对抗的危险境地。特朗普表示，美方将继续奉行一个中国政策。

6月6日，港媒《南华早报》报道称，这通主要旨在缓解中美贸易紧张局势的电话，让一些台湾地区的政治人士感到焦虑，他们担忧台湾可能被进一步边缘化，无论是在经贸关系还是在地缘政治方面。从去年美国大选期间，特朗普就多次向台当局讨要“保护费”，引发岛内忧虑。特朗普推动的所谓“对等关税”中，中国台湾地区被征收32%的出口关税。台湾“中央大学”经济系教授吴大任分析称，保守估计，对等关税对台湾地区GDP直接影响介于15%至20%，非常可怕。

在宣布关税政策的新闻发布会上，特朗普特别提及台湾，宣称“台湾夺走了美国所有的计算机芯片及半导体”。他抱怨道，“我们过去是王者，但现在已几乎一无所有”。国民党批评赖清德上任以来一味迎合美方、全面倒向美国，导致台湾在美国“对等关税”政策中毫无筹码与招架之力。《南华早报》指出，由于特朗普在防务、半导体和关税方面的对台论调，台湾对美国的态度有所改变。

据台湾“联合新闻网”消息，一项最新民调结果显示，高达66.2%的受访者认为，特朗普会为了美国的利益而出卖台湾地区，其中认为一定会的占26.4%，认为可能会的占39.8%。港媒称，中美元首通话更加剧了岛内对美国日益增长的怀疑情绪。台中市副市长郑照新表示，中国大陆只有在达成某种共识时才会进行电话沟通，这让台湾对贸易谈判感到非常焦虑。郑照新补充说，台湾为降低美国关税的努力没有取得任何进展，这让岛内工业界非常焦虑，包括作为精密工业中心的台中。