自画像，绘于1889年，奥赛美术馆藏品，为梵高生前最后一幅自画像。
梵高和丹麦画家克里斯蒂安-彼得森的关系却逐渐恶化，梵高景仰高更，希望高更能平等地看待他，但高更生性自大，二人因而多次吵架。加上西奥可能还欠高更一笔钱，使得高更以为这兄弟二人是贪图他的财产。这最终导致梵高在12月23日割掉了自己的左耳。割耳事件的具体经过已经无法考证，高更在十五年后回忆起梵高时也只是语焉不详地说那天晚上充满了肢体暴力。梵高挥刀割掉自己的左耳（一部分或者全部，不同来源说法不一）。他自己包扎了一下伤口，把割下来的耳朵打包送给了他和高更都认识的一个当地妓女。第二天梵高被警察送往医院，实习医生菲力克斯·雷（Félix Rey）帮他重新处理了伤口，但并未把耳朵缝回去。
由于精神问题，梵高本人也不记得事情经过。高更随后通知了西奥，而后者在24日刚刚才向乔安娜·邦格（Johanna Bonger）求婚。结果西奥24日晚上搭上火车赶往阿尔勒，次夜才返回巴黎。在医院，梵高要求见一下高更。但高更和负责此事的警察说：「如果他要见我的话就告诉他我已经回巴黎了」，随后高更马上离开了阿尔勒。虽然1890年梵高还曾提议要和高更一起在安特卫普建一个画室，但实际二人再未见面。 1889年1月7日梵高康复，返回了黄房子，随后的几个月中仍然需要不时前往医院检查精神问题。 3月，在30名镇民联署之下，警察强行将梵高安置于医院中接受治疗。同月希涅克来看望过他两次。 4月他搬到菲力克斯医生家。又过了两个月梵高终于离开阿尔勒，自愿住进了罗讷河口省圣雷米的精神病院。他为菲力克斯医生画了一幅肖像画，但后者并不喜欢这幅画，便用它来修补鸡舍，后来将其转手给了别人。此画现藏于普希金博物馆。
后世学者对梵高的精神问题进行了许多研究。 1947年首次有人提出梵高罹患的是躁郁症，此说后来得到了一定的认可。但也有人推测说应该是急性间歇性卟啉病，此外还有说是颞叶癫痫的。而病因则可能是营养不良、过度劳累、失眠和酗酒。
梵高于1889年6月在圣雷米精神病院绘制的《星夜》
在圣雷米
梵高在牧师弗雷德里克·萨勒（Frédéric Salles）的陪同下于1889年5月8日住进了阿尔勒30公里（19英里）外圣雷米的精神病院。精神病院和周边景色成为了这段时期他作品的主题，如《星夜》。此外根据回忆，他创作了《在亚尔的卧室》的另外两个版本。同时，他也对现实主义画家库尔贝、米勒的作品进行了再创作。
1890年1月，阿尔贝·奥里埃（Albert Aurier）在《文雅信使》上撰文评价了梵高的作品，称梵高是一个天才。 2月梵高完成了五幅《阿莱的基诺夫人》。当月，布鲁塞尔的先锋艺术家组织20人展邀请梵高参加他们的年展，但在开幕晚宴上，亨利·德·格鲁痛批了梵高的作品。在场的罗特列克和希涅克对此表示不满，而格鲁道歉之后迅速离席。莫奈后来也表示自己十分欣赏梵高那次展出的作品。
1890年2月至4月间，梵高病情加剧。难以书写及进行创作。在后来写给西奥的书信中，梵高说：「（那段时期）我只依照对北方的回忆画了几幅小作品」。梵高让弟弟和母亲把他1880年代的作品寄过来以便进一步完善，《在永恒之门》就是这样完成的。
《奥维尔教堂》，1889，奥赛美术馆
塞纳河上的桥，1887，布尔勒收藏展览馆