早起刷牙的真正原因在于及时清除牙菌斑。牙菌斑通过发酵食物残渣中的碳水化合物产生酸，对牙齿硬组织造成破坏，进而引发龋齿。刷牙能够将牙菌斑打散，削弱细菌的威力，并清除滞留在牙面上的食物残渣，使细菌失去持续发酵产酸的原料。

晨起时口腔内的细菌数量惊人，两次刷牙间隔时间内产生的细菌会在12小时后形成新的牙菌斑，进一步导致龋齿和牙周病。因此，早起刷牙的主要目的是在牙菌斑成熟前将其清除，保持口腔健康。